В налоговую лучше обратиться. С ООО мы открывали "обособленное подразделение" в другом городе, указывали изменения в налоговой нашей и в другом городе. Там же сдавали наловую отчетность. Зайдите в налоговую, они точно подскажут.
Для ИП тоже вроде правила разные. ЕНВД, допустим, уплачивается в бюджет того муниципального образования, на территории которого ведется деятельность. В Москве, например, ЕНВД в отношении торговли не действует.
Предполагается ИП на ОСН. И приплачивать в московский бюджет, по всей видимости, придётся. По некоторым сведениям, даже ИП из подмосковья, работающие в Москве, помимо налогов по месту регистрации, платят ещё по месту фактической деятельности.