С работодателем заключён договор подряда. З/п выплачивается по Акту выполненных работ. Работодатель заявил, что из расчётной суммы они обязаны удерживать 13%. У меня большие сомнения.
да, обязаны, они налоговый агент. чтобы не сомневаться, почитайте НК. И он вам не работодатель, а заказчик. С работодателем у вас был бы трудовой договор.