Андрюха squid, как я понимаю, линуховый, поэтому конкретно его не конфигурил, но по всей видимости нужно поставить галочку (или как это в линухах называется) "Разрешить FTP-трафик".
Через HTTP заходит? А может порт FTP на прокси какой нибудь хитрожопый, что Total Commander его не видит?